La microphtalmie, et d'autant plus l'anophtalmie, demandent une prise en charge médicale adaptée, spécialisée et parfois urgente.

Il s'agit selon les cas d'une prise en charge ophtalmologique pour corriger ce qui peut l'être au niveau de l'anatomie de l'oeil et ainsi permettre le développement optimal de celui-ci, voire de ses fonctions visuelles (même si une bonne vision est rare), d'une prise en charge esthétique pour s'assurer de la croissance de l'orbite et de la paupière ou encore d'une prise en charge médico-sociale liée à la basse vision prévisible de l'enfant.

L'adaptation d'une prothèse oculaire est un plus difficile du fait même de la présence du petit oeil qui peut ne pas la tolérer. Elle doit trouver une place par dessus le petit œil sans l'abimer (risque d'ulcère par exemple) nécessitant un contrôle par un ophtalmologue lors de la pose initiale.

En cas d'anophtalmie, l'absence d'orbite normalement développée et de paupière requière une prise en charge très spécifique, rare (sur Paris), ainsi qu'une disponibilité importante de la famille pour suivre ce protocole novateur et encore non reconnu administrativement. La France a la chance de disposer de cette offre de prise en charge qui apporte une réelle chance aux enfants d'obtenir un résultat esthétique plus satisfaisant alors qu'auparavant les solutions chirurgicales très invasives étaient les seuls recours au prix de très nombreuses et lourdes opérations sans garantie de résultat.